หลังจากที่พระแก้วมรกตได้ประดิษฐานอยู่กรุงอินทปัตถ์นานพอสมควร(ไม่ได้ระบุปี) ในแผ่นดินพระเจ้าเสน่ห์ราช เกิดพายุฝนขนาดใหญ่ตกเป็นนิจกาลยาวนานหลายเดือน(ไม่ได้ระบุ) พระเจ้าเสน่ห์ราชก็สวรรคตด้วยอุทกภัยนั้น พระมหาเถระ(ไม่ปรากฏพระนาม) ได้อัญเชิญพระแก้วมรกตขึ้นสำเภาหนีไปยังที่ดอน พระเจ้าอติตะราช (อาทิตยราช) เจ้าครองนครอโยธยา(หมายถึงอโยธยาโบราณ) ทราบเรื่องจึงเสด็จกระบวนพยุหยาตรา ไปอัญเชิญพระแก้วมรกตมาไว้ในที่ปลอดภัย โดยทรงอัญเชิญพระแก้วมรกตประดิษฐานในพระมหาเวชยันตปราสาท และได้ประดิษฐานในนครอโยธยาอีกหลายรัชสมัย

ต่อมาเจ้าเมืองกำแพงเพชร ซึ่งเป็นพระบรมญาติกับกษัตริย์อโยธยาสมัยนั้น จึงทูลขอนำพระแก้วมรกตขึ้นไป ประดิษฐานที่เมืองกำแพงเพชรอีกหลายรัชสมัย ซึ่งปัจจุบันก็คือวัดพระแก้วกำแพงเพชร ในอุทยานประวัติศาสตร์กำแพงเพชร พระเจ้าพรหมทัศน์เจ้านครหิรัญนครเงินยางเชียงแสนทรงทราบว่าพระบรมราชาธิราช เจ้าเมืองกำแพงเพชรมีพระแก้วมรกต พระเจ้าพรหมทัศน์มีพระราชประสงค์ใคร่จะได้ ไปเป็นศรีนครแก่นครเชียงแสนจึงทูลขอต่อพระเจ้ากำแพงเพชร

ด้วยสันถวไมตรีพระเจ้ากำแพงเพชรจึงได้ถวายให้นครเชียงแสน ต่อมานครเชียงแสนเกิดมีศึกกับนพบุรีศรีนครพิงค์เชียงใหม่ เจ้าผู้ครองนครเชียงแสนในเวลานั้นได้พิจารณาว่า หากนำพระแก้วมรกต หลบภัยสงครามไปด้วยอาจจะเกิดอันตรายกับพระแก้วมรกตได้ จึงได้ทำการพอกปูนจนทึบและลงรักปิดทองเสมือนพระพุทธรูปสามัญทั่วไป แล้วบรรจุเก็บไว้ในเจดีย์วัดป่าญะในเมืองเชียงแสน จากนั้นกษัตริย์และพระราชวงศ์อพยพผู้คนลงมาทางใต้ ส่วนเมืองเชียงแสนก็ถูกตีแตกและ ถูกรวมเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรล้านนาในที่สุด เป็นอันจบส่วนของตำนาน เพราะหลังจากมีการพบพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกต ในเจดีย์ป่าญะ วัดพระแก้วงามเมืองนั้น ก็เป็นเหตุการณ์ที่ได้มีการบันทึกตรงกันในทุกสำนัก หากแต่คลาดเคลื่อนเรื่องวันเดือนปีไปบ้าง เนื่องจากการนับศักราชต่างกัน